[논문] 신터니 기반 조상 유전체 복원 알고리즘 개발 및 포유류 조상 유전체 분석
성과명 |
신터니 기반 조상 유전체 복원 알고리즘 개발 및 포유류 조상 유전체 분석 |
||
연구자명 |
김재범 |
연구기관 |
건국대학교 |
등록일 |
2017.05 |
발간일 |
2017.05 |
◆ 논문제목 : Reconstruction and evolutionary history of eutherian chromosomes
◆ 저널명 : Proceedings of the National Academy of Sciences 114.27 (2017): E5379-E5388.
[연구배경]
○ 대규모 유전체 비교 분석을 통해 공통 조상의 유전체를 복원하는 DESCHRAMBLER 알고리즘을 개발하고,
이를 이용하여 포유류의 공통 조상 유전체를 복원하고 진화적 분석을 진행함
○ DESCHRAMBLER는 다양한 종들의 조상 유전체를 신터니에 기반하여 복원하고, 이를 통한 종간 진화 연구 및 분석이 가능해짐
[연구내용]
1. 조상 유전체 복원 알고리즘 개발
- 대규모 종의 유전체 빅데이터 비교 분석을 통해 공통 조상의 유전체 구조를 복원하는 DESCHRAMBLER 알고리즘 개발(그림 1)
- DESCHRAMBLER는 확률 기반 유전체 진화 모델과 그래프 이론을 기반으로 조상 유전체 구조를 복원
- 기 개발된 조상 유전체 복원 알고리즘들과 비교하여 우수한 성능을 보임
(그림 1) DESCHRAMBLER 알고리즘 동작 과정
2. 포유류 조상 유전체 복원 및 진화분석
- 포유류 19종의 조상 유전체 복원(그림 2) 및 유전체 진화 이력과 변화 양상 규명(그림 3)
- 유전체 구조 변이와 표현형 간의 관계 및 진화 생물학 연구에 기여 가능
(그림 2) 포유류 19종 조상 유전체 복원
(그림 3) 유전체 재배열 양상
*관련 성과
J Kim et al. "Reconstruction and evolutionary history of eutherian chromosomes."
Proceedings of the National Academy of Sciences 114.27 (PNAS 2017): E5379-E5388.